Ders Detayı
Ders Tanımı
| Ders | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| PROTEİN :YAPI VE FONKSİYON İLİŞ. İLERİ KONULAR | BEBD1112956 | Güz Dönemi | 3+0 | 3 | 8 |
| Ders Programı | Salı 12:00-12:45 Salı 13:30-14:15 Salı 14:30-15:15 |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Önerilen Seçmeli Dersler |
| Dersin Dili | İngilizce |
| Dersin Seviyesi | Doktora |
| Dersin Türü | Programa Bağlı Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Doç.Dr. Özge ŞENSOY |
| Dersi Verenler | Doç.Dr. Özge ŞENSOY |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Amacı | Bu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olur. Bunun yanında, çeşitli amaçlar için protein dizayn edebilir. Son olarak, protein yapı tayininde kullanılan deneysel yöntemler hakkında bilgi sahibi olur. |
| Dersin İçeriği | Bu ders; Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları,Protein Yapı Motifleri,Alfa-Domain Yapıları,Alfa-Beta Yapıları,Beta Yapıları,Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği,DNA yapısı,Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması,Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması,Membran proteinleri,Sinyal Transdüksiyonu,Fibröz Proteinler,Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması,Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini; konularını içermektedir. |
| Dersin Öğrenme Kazanımları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
| Protein yapı, dinamik ve fonksiyon arasında ilişki kurar. | 10, 12, 14, 16, 19, 2, 20, 5 | A, F |
| Verilen bir fonksiyon için protein yapısı modeller. | 10, 12, 13, 16, 2, 4, 5 | A, F |
| Proteinlerin yapı ve fonksiyonunda meydana gelen problemler ile ilgili hastalık oluşumu arasında neden-sonuç ilişkisi kurar. | 10, 12, 13, 16, 19, 2, 20, 3, 5 | A, F |
| Protein modellenmesinde kullanılan programları kullanır. | 10, 12, 13, 16, 2, 20, 3, 5 | A, E, F |
| Biyoteknolojik alanda kullanılabilen yeni proteinler dizayn eder. | 10, 11, 12, 16, 20, 3, 4 | F |
| Elde ettiği bilgi birikimi sayesinde var olan enzim fonksiyonlarını geliştirebilecek şekilde dizayn eder. | 10, 12, 13, 16, 19, 2, 20 | F |
| Protein veri bankasını yetkin bir şekilde kullanır. | 11, 14, 4, 6 |
| Öğretim Yöntemleri: | 10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 12: Problem Çözme Yöntemi, 13: Örnek Olay Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 2: Proje Temelli Öğrenme Modeli, 20: Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, 3: Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, 4: Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, 5: İşbirlikli Öğrenme Modeli, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli |
| Ölçme Yöntemleri: | A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi |
Ders Akışı
| Sıra | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları | |
| 2 | Protein Yapı Motifleri | |
| 3 | Alfa-Domain Yapıları | |
| 4 | Alfa-Beta Yapıları | |
| 5 | Beta Yapıları | |
| 6 | Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği | |
| 7 | DNA yapısı | |
| 8 | Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması | |
| 9 | Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması | |
| 10 | Membran proteinleri | |
| 11 | Sinyal Transdüksiyonu | |
| 12 | Fibröz Proteinler | |
| 13 | Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması | |
| 14 | Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini |
| Kaynak |
| Introduction to Protein Structure, 2 nd edition. Carl Branden & John Tooze |
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
| Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı | |||||||
| No | Program Yeterliliği | Katkı Düzeyi | |||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 1 | Temel bilimleri, matematik ve mühendislik bilimlerini üst düzeyde anlar ve uygular, alanında en son gelişmeler dahil olmak üzere genişlemesine ve derinlemesine bilgi sahibidir. | X | |||||
| 2 | Mühendisliğin ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar, yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır. | X | |||||
| 3 | Bir alanda en yeni bilgilere ulaşır ve bunları kavrayarak araştırma yapabilmek için gerekli yöntem ve becerilerde üst düzeyde yeterliğe sahiptir. | X | |||||
| 4 | Bilime veya teknolojiye yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem veya teknolojik ürün/süreç geliştiren ya da bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulayan kapsamlı bir çalışma yapar. | X | |||||
| 5 | Akademik çalışmalarının çıktılarını saygın akademik ortamlarda yayınlayarak bilim ve teknoloji literatürüne katkıda bulunur. | X | |||||
| 6 | Bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel gelişmeleri değerlendirerek bilimsel tarafsızlık ve etik sorumluluk bilinciyle topluma aktarır. | X | |||||
| 7 | Özgün bir araştırma sürecini bağımsız olarak algılar, tasarlar, uygular ve sonuçlandırır; bu süreci yönetir. | X | |||||
| 8 | Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır | X | |||||
| 9 | Uzmanlık alanındaki fikirlerin ve gelişmelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar. | X | |||||
| 10 | Mühendislik alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtır, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunur ve toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlerin gelişimini destekler. | X | |||||
Değerlendirme Sistemi
| Katkı Düzeyi | Mutlak Değerlendirme | |
| Ara Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
| Genel Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
| Toplam | 100 | |
| AKTS / İşyükü Tablosu | ||||||
| Etkinlik | Sayı | Süresi (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) | |||
| Ders Saati | 14 | 3 | 42 | |||
| Rehberli Problem Çözme | 5 | 3 | 15 | |||
| Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi | 2 | 30 | 60 | |||
| Okul Dışı Diğer Faaliyetler | 0 | 0 | 0 | |||
| Proje Sunumu / Seminer | 1 | 30 | 30 | |||
| Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 | |||
| Ara Sınav ve Hazırlığı | 6 | 5 | 30 | |||
| Genel Sınav ve Hazırlığı | 13 | 4 | 52 | |||
| Performans Görevi, Bakım Planı | 0 | 0 | 0 | |||
| Toplam İş Yükü (Saat) | 229 | |||||
| Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(229/30) | 8 | |||||
| Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır. | ||||||
Dersin Detaylı Bilgileri
Ders Tanımı
| Ders | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| PROTEİN :YAPI VE FONKSİYON İLİŞ. İLERİ KONULAR | BEBD1112956 | Güz Dönemi | 3+0 | 3 | 8 |
| Ders Programı | Salı 12:00-12:45 Salı 13:30-14:15 Salı 14:30-15:15 |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Önerilen Seçmeli Dersler |
| Dersin Dili | İngilizce |
| Dersin Seviyesi | Doktora |
| Dersin Türü | Programa Bağlı Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Doç.Dr. Özge ŞENSOY |
| Dersi Verenler | Doç.Dr. Özge ŞENSOY |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Amacı | Bu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olur. Bunun yanında, çeşitli amaçlar için protein dizayn edebilir. Son olarak, protein yapı tayininde kullanılan deneysel yöntemler hakkında bilgi sahibi olur. |
| Dersin İçeriği | Bu ders; Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları,Protein Yapı Motifleri,Alfa-Domain Yapıları,Alfa-Beta Yapıları,Beta Yapıları,Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği,DNA yapısı,Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması,Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması,Membran proteinleri,Sinyal Transdüksiyonu,Fibröz Proteinler,Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması,Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini; konularını içermektedir. |
| Dersin Öğrenme Kazanımları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
| Protein yapı, dinamik ve fonksiyon arasında ilişki kurar. | 10, 12, 14, 16, 19, 2, 20, 5 | A, F |
| Verilen bir fonksiyon için protein yapısı modeller. | 10, 12, 13, 16, 2, 4, 5 | A, F |
| Proteinlerin yapı ve fonksiyonunda meydana gelen problemler ile ilgili hastalık oluşumu arasında neden-sonuç ilişkisi kurar. | 10, 12, 13, 16, 19, 2, 20, 3, 5 | A, F |
| Protein modellenmesinde kullanılan programları kullanır. | 10, 12, 13, 16, 2, 20, 3, 5 | A, E, F |
| Biyoteknolojik alanda kullanılabilen yeni proteinler dizayn eder. | 10, 11, 12, 16, 20, 3, 4 | F |
| Elde ettiği bilgi birikimi sayesinde var olan enzim fonksiyonlarını geliştirebilecek şekilde dizayn eder. | 10, 12, 13, 16, 19, 2, 20 | F |
| Protein veri bankasını yetkin bir şekilde kullanır. | 11, 14, 4, 6 |
| Öğretim Yöntemleri: | 10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 12: Problem Çözme Yöntemi, 13: Örnek Olay Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 2: Proje Temelli Öğrenme Modeli, 20: Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, 3: Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, 4: Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, 5: İşbirlikli Öğrenme Modeli, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli |
| Ölçme Yöntemleri: | A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi |
Ders Akışı
| Sıra | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları | |
| 2 | Protein Yapı Motifleri | |
| 3 | Alfa-Domain Yapıları | |
| 4 | Alfa-Beta Yapıları | |
| 5 | Beta Yapıları | |
| 6 | Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği | |
| 7 | DNA yapısı | |
| 8 | Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması | |
| 9 | Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması | |
| 10 | Membran proteinleri | |
| 11 | Sinyal Transdüksiyonu | |
| 12 | Fibröz Proteinler | |
| 13 | Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması | |
| 14 | Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini |
| Kaynak |
| Introduction to Protein Structure, 2 nd edition. Carl Branden & John Tooze |
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
| Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı | |||||||
| No | Program Yeterliliği | Katkı Düzeyi | |||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 1 | Temel bilimleri, matematik ve mühendislik bilimlerini üst düzeyde anlar ve uygular, alanında en son gelişmeler dahil olmak üzere genişlemesine ve derinlemesine bilgi sahibidir. | X | |||||
| 2 | Mühendisliğin ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar, yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır. | X | |||||
| 3 | Bir alanda en yeni bilgilere ulaşır ve bunları kavrayarak araştırma yapabilmek için gerekli yöntem ve becerilerde üst düzeyde yeterliğe sahiptir. | X | |||||
| 4 | Bilime veya teknolojiye yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem veya teknolojik ürün/süreç geliştiren ya da bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulayan kapsamlı bir çalışma yapar. | X | |||||
| 5 | Akademik çalışmalarının çıktılarını saygın akademik ortamlarda yayınlayarak bilim ve teknoloji literatürüne katkıda bulunur. | X | |||||
| 6 | Bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel gelişmeleri değerlendirerek bilimsel tarafsızlık ve etik sorumluluk bilinciyle topluma aktarır. | X | |||||
| 7 | Özgün bir araştırma sürecini bağımsız olarak algılar, tasarlar, uygular ve sonuçlandırır; bu süreci yönetir. | X | |||||
| 8 | Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır | X | |||||
| 9 | Uzmanlık alanındaki fikirlerin ve gelişmelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar. | X | |||||
| 10 | Mühendislik alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtır, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunur ve toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlerin gelişimini destekler. | X | |||||
Değerlendirme Sistemi
| Katkı Düzeyi | Mutlak Değerlendirme | |
| Ara Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
| Genel Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
| Toplam | 100 | |