İstanbul Medipol Üniversitesi Akdeniz Araştırmaları Merkezi, özel olarak Akdeniz havzasında, Balkanlar ve Kafkaslarla bütün bir İslam coğrafyasında varlığını hissettiren ve medeni bir varoluşun önünde engel olan sosyal, kültürel, dini, siyasi, etnik ve diğer beşeri sorunlarla ilgili bir tartışma, anlama ve birlikte çalışma ortamı oluşturmayı amaçlamaktadır.
Merkez, bölgedeki gelişmeleri takip ederek bilgi ve analiz üretme işlevinin yanında yerel ve küresel politikaları karşılaştırma imkanı sunmayı hedeflemektedir. Diğer bir hedefi ise özellikle Akdeniz bölgesindeki ilgili kuruluşlarla ortak projeler geliştirerek ulusal ve uluslararası kamuoyuna, medyaya ve uygulayıcılara güncel meseleleri analiz ve saha çalışmaları yaparak destek vermektir.