Ana içeriğe atla

Ders Detayı

Ders Tanımı

DersKoduYarıyılT+U SaatKrediAKTS
BİYOENFORMATİKBME4110345Güz Dönemi3+036
Ders Programı
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Diliİngilizce
Dersin SeviyesiLisans
Dersin TürüPrograma Bağlı Seçmeli
Dersin KoordinatörüProf.Dr. Reda ALHAJJ
Dersi VerenlerProf.Dr. Reda ALHAJJ
Dersin Yardımcıları
Dersin AmacıBu ders, temel kavramlar, algoritmalar, yapılar ve veri tabanları, alanın tarihsel gelişimi, uygulamaları ve alandaki ilgili gelişmeleri içeren biyoinformatik alanına bir giriş sağlar. Ders, biyoinformatik dizi analizinin temellerini ve ilgili araçları ve veritabanlarını kapsar. Kapsanan konular arasında ikili hizalama, puan matrisleri, dizi veritabanı araması, biyolojik ağlar, ağ analizi ve makine öğrenimi teknikleri ve görselleştirme yer alır. Ders ayrıca genom ve gen kavramları dahil olmak üzere moleküler biyolojinin temellerine genel bir bakış sunar ve genom tarayıcılarına ve merkezi biyolojik veri tabanlarına ve bilgi temellerine bir giriş içerir.
Dersin İçeriğiBu ders; Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır,Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar,sonek ağaçları ve diziler,Sıra Hizalamanın temelleri,ikili dizi hizalaması,çoklu dizi hizalaması,Veritabanları ve veritabanı araması,Mikrodizi veri analizi,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Filogenetik Ağaçlar,Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi,Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz,Proje Sunumu; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme KazanımlarıÖğretim YöntemleriÖlçme Yöntemleri
Biyolojik ağlara yönelik temel yaklaşımların anlaşılması ve görselleştirilmesiA, E, F, G
Biyolojik veritabanlarını ve bilgi tabanlarını, makine öğrenimini ve ağ analizini kullanabilirA, E, F, G
İkili yerel ve global dizi hizalama algoritmasının teknik yönlerini karşılaştırabilirA, E, F, G
Dizi hizalaması ile ilgili moleküler biyoloji ve evrimin temellerini anlayabilir ve açıklayabilir ve bunları çeşitli algoritmalarla bağlayabilirA, E, F, G
Biyolojik dizilerin hizalanması için dinamik programlama algoritmalarını anlarA, E, F, G
Biyoenformatik alanındaki merkezi konu ve kavramlar hakkında genel bir anlayışa sahiptir5A, F, G
Öğretim Yöntemleri:5: İşbirlikli Öğrenme Modeli
Ölçme Yöntemleri:A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi, G: Kısa Sınav

Ders Akışı

SıraKonularÖn Hazırlık
1Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır
2Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar
3sonek ağaçları ve diziler
4Sıra Hizalamanın temelleri
5ikili dizi hizalaması
6çoklu dizi hizalaması
7Veritabanları ve veritabanı araması
8Mikrodizi veri analizi
9Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar
10Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar
11Filogenetik Ağaçlar
12Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi
13Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz
14Proje Sunumu
Kaynak
"No specific text book, notes will be made available, including in class notes, (sometimes) slides, research papers, book chapters, etc. Recommendaed Reference: Understanding Bioinformatics Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum"

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
NoProgram Yeterliliği Katkı Düzeyi
12345
1
Matematik, fen bilimleri ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi
X
2
Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi
X
3
Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlama becerisi; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi
X
4
Mühendislik uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi
X
5
Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi
X
6
Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi; bireysel çalışma becerisi
X
7
Sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma becerisi; en az bir yabancı dil bilgisi; etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilme, etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi
X
8
Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi
X
9
Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi
X
10
Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi; girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi
X
11
Mühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık
X
12
İnsan vücudunu anlama ve onarmada mühendisliğin ilkelerini uygulama ve karar verme yetisi
X

Değerlendirme Sistemi

Katkı DüzeyiMutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı 30
Genel Sınavın Başarıya Oranı 70
Toplam 100
AKTS / İşyükü Tablosu
EtkinlikSayıSüresi (Saat)Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Saati14342
Rehberli Problem Çözme14228
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi12020
Okul Dışı Diğer Faaliyetler000
Proje Sunumu / Seminer12020
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı515
Ara Sınav ve Hazırlığı14545
Genel Sınav ve Hazırlığı000
Performans Görevi, Bakım Planı155
Toplam İş Yükü (Saat)165
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(165/30)6
Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır.

Dersin Detaylı Bilgileri

Ders Tanımı

DersKoduYarıyılT+U SaatKrediAKTS
BİYOENFORMATİKBME4110345Güz Dönemi3+036
Ders Programı
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Diliİngilizce
Dersin SeviyesiLisans
Dersin TürüPrograma Bağlı Seçmeli
Dersin KoordinatörüProf.Dr. Reda ALHAJJ
Dersi VerenlerProf.Dr. Reda ALHAJJ
Dersin Yardımcıları
Dersin AmacıBu ders, temel kavramlar, algoritmalar, yapılar ve veri tabanları, alanın tarihsel gelişimi, uygulamaları ve alandaki ilgili gelişmeleri içeren biyoinformatik alanına bir giriş sağlar. Ders, biyoinformatik dizi analizinin temellerini ve ilgili araçları ve veritabanlarını kapsar. Kapsanan konular arasında ikili hizalama, puan matrisleri, dizi veritabanı araması, biyolojik ağlar, ağ analizi ve makine öğrenimi teknikleri ve görselleştirme yer alır. Ders ayrıca genom ve gen kavramları dahil olmak üzere moleküler biyolojinin temellerine genel bir bakış sunar ve genom tarayıcılarına ve merkezi biyolojik veri tabanlarına ve bilgi temellerine bir giriş içerir.
Dersin İçeriğiBu ders; Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır,Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar,sonek ağaçları ve diziler,Sıra Hizalamanın temelleri,ikili dizi hizalaması,çoklu dizi hizalaması,Veritabanları ve veritabanı araması,Mikrodizi veri analizi,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Filogenetik Ağaçlar,Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi,Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz,Proje Sunumu; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme KazanımlarıÖğretim YöntemleriÖlçme Yöntemleri
Biyolojik ağlara yönelik temel yaklaşımların anlaşılması ve görselleştirilmesiA, E, F, G
Biyolojik veritabanlarını ve bilgi tabanlarını, makine öğrenimini ve ağ analizini kullanabilirA, E, F, G
İkili yerel ve global dizi hizalama algoritmasının teknik yönlerini karşılaştırabilirA, E, F, G
Dizi hizalaması ile ilgili moleküler biyoloji ve evrimin temellerini anlayabilir ve açıklayabilir ve bunları çeşitli algoritmalarla bağlayabilirA, E, F, G
Biyolojik dizilerin hizalanması için dinamik programlama algoritmalarını anlarA, E, F, G
Biyoenformatik alanındaki merkezi konu ve kavramlar hakkında genel bir anlayışa sahiptir5A, F, G
Öğretim Yöntemleri:5: İşbirlikli Öğrenme Modeli
Ölçme Yöntemleri:A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi, G: Kısa Sınav

Ders Akışı

SıraKonularÖn Hazırlık
1Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır
2Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar
3sonek ağaçları ve diziler
4Sıra Hizalamanın temelleri
5ikili dizi hizalaması
6çoklu dizi hizalaması
7Veritabanları ve veritabanı araması
8Mikrodizi veri analizi
9Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar
10Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar
11Filogenetik Ağaçlar
12Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi
13Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz
14Proje Sunumu
Kaynak
"No specific text book, notes will be made available, including in class notes, (sometimes) slides, research papers, book chapters, etc. Recommendaed Reference: Understanding Bioinformatics Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum"

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
NoProgram Yeterliliği Katkı Düzeyi
12345
1
Matematik, fen bilimleri ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi
X
2
Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi
X
3
Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlama becerisi; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi
X
4
Mühendislik uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi
X
5
Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi
X
6
Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi; bireysel çalışma becerisi
X
7
Sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma becerisi; en az bir yabancı dil bilgisi; etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilme, etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi
X
8
Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi
X
9
Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi
X
10
Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi; girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi
X
11
Mühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık
X
12
İnsan vücudunu anlama ve onarmada mühendisliğin ilkelerini uygulama ve karar verme yetisi
X

Değerlendirme Sistemi

Katkı DüzeyiMutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı 30
Genel Sınavın Başarıya Oranı 70
Toplam 100

Sayısal Veriler

Ekleme Tarihi: 06/07/2022 - 16:47Son Güncelleme Tarihi: 06/07/2022 - 16:48