Ders Detayı
Ders Tanımı
| Ders | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BİYOENFORMATİKTE SEÇME KONULAR | 2+2 | 3 | 7 |
| Ders Programı |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Önerilen Seçmeli Dersler |
| Dersin Dili | İngilizce |
| Dersin Seviyesi | Yüksek Lisans |
| Dersin Türü | Programa Bağlı Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Dr.Öğr.Üye. Kıvanç KÖK |
| Dersi Verenler | Dr.Öğr.Üye. Kıvanç KÖK |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Amacı | This course provides gradute level knowledge of bioinformatics by evaluation of selected topics in the field. |
| Dersin İçeriği | Bu ders; Introduction to fundamental bioinformatics,Introduction to Linux,Primary bioinformatics data formats and databases,Scientific programming and bioinformatics workflows,Statistical İnference and data mining in bioinformatics,Sequence alignments and motif search methods,Phylogenetic tree construction and comparative genomics,Structural bioinformatics of proteins,Genome data analysis,Transcriptome data analysis,Proteome data analysis,Mıcrobiome data analysıs,Network analysis and Systems Biology,Lastest advancements and emerging topics in bioinformatics; konularını içermektedir. |
| Dersin İçeriği | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
| Students will gain knowledge about main concepts and key methods in bioinformatics. | 2, 21, 4 | A, C, E |
| Students will be able to retrieve, organize and manage biological data. Students will learn to recognize computational challenges and describe bioinformatics problems. Students will be able to comprehend related methodology and apply proper bioinformatics solutions. | 21, 22, 4, 8 | A, C, E |
| Students will be able to evaluate and interpret the data analysis result. Students will learn to use appropriate terminology and report bioinformatics findings. | 15, 2, 21, 3, 4 | A, C, E |
| Students will obtain novel insights into interdisciplinary and integrative research strategies. | 2, 21, 3, 4 | A, C, E |
| Students will be able to discuss recent developments and emerging topics in bioinformatics. Students being able to follow state-of-the-art research in this interdisciplinary field. | 12, 14, 2, 3, 4 | A, C, E |
| Öğretim Yöntemleri: | 12: Örnek Olay, 14: Bireysel Çalışma, 15: Problem Çözme, 2: Soru - Cevap, 21: Video, 22: probleme dayalı öğrenme, 3: Tartışma, 4: Alıştırma ve Uygulama, 8: Grup Çalışması |
| Ölçme Yöntemleri: | A: Yazılı sınav, C: Ödev, E: Kısa Sınav |
Ders Akışı
| Sıra | Konular | Ön Hazırlık |
| 1 | Introduction to fundamental bioinformatics | |
| 2 | Introduction to Linux | |
| 3 | Primary bioinformatics data formats and databases | |
| 4 | Scientific programming and bioinformatics workflows | |
| 5 | Statistical İnference and data mining in bioinformatics | |
| 6 | Sequence alignments and motif search methods | |
| 7 | Phylogenetic tree construction and comparative genomics | |
| 8 | Structural bioinformatics of proteins | |
| 9 | Genome data analysis | |
| 10 | Transcriptome data analysis | |
| 11 | Proteome data analysis | |
| 12 | Mıcrobiome data analysıs | |
| 13 | Network analysis and Systems Biology | |
| 14 | Lastest advancements and emerging topics in bioinformatics |
| Kaynak |
| Understanding bioinformatics. Published in 2008. Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum. ISBN-10: 0-8153-4024-9 (pbk.). Garland Science, Taylor & Francis Group, LLC. |
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
| Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı | |||||||
| No | Program Yeterliliği | Katkı Düzeyi | |||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 0 | Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji ve diğer ilgili alanlarda bilimsel düzeyde araştırma yaparak bilgiye ulaşma, bilgiyi değerlendirme, yorumlama ve uygulama becerisi geliştirir. | X | |||||
| 0 | Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji ve bu alanla ilişkili değişik disiplinlere ait bilgileri birleştirebilme ve beraber değerlendirebilme becerisi geliştirir. | X | |||||
| 0 | Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji alanlarındaki sorunları tanımlayabilme, çözmek için yöntem geliştirme ve elde edilen bilgiyi uygulama becerisi geliştirir. | X | |||||
| 0 | Temel biyoistatistik yöntemleri bilir, bilimsel deneysel çalışma sonuçlarına uygular ve istatistiksel olarak yorumlar. | X | |||||
| 0 | Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji alanlarında yeni ve gelişmekte olan uygulamaları bilme, gerektiğinde bunları etkili bir biçimde kullanma ve öğretme becerisi geliştirir. | X | |||||
| 0 | Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji alanlarında mevcut olan bilimsel bilgiye ulaşabilme, eleştirel olarak yorumlama ve kullanabilme becerisi geliştirir. | X | |||||
| 0 | Yeni ve orijinal fikir ve yöntemler geliştirme becerisi edinir. | X | |||||
| 0 | Teorik bilgisini, eleştirel düşünme yetisini kullanarak, bağımsız olarak özel çalışma alanına uygular, yaptığı çalışma sonuçlarını değerlendirir, yorumlar ve çalışmanın raporunu yazar. | X | |||||
| 0 | Sağlık alanında çalışma yürüten bir ekip içinde liderlik yapma, karmaşık durumlarda çözüm sağlayabilecek yeni fikirler geliştirebilme ve sorumluluk alma becerisi geliştirir. | ||||||
| 0 | Çalışmaları sonucunda ulaştığı bilimsel bilgiyi ulusal ve uluslararası ortamlarda sistematik ve açık bir şekilde yazılı ya da sözlü olarak aktarabilme becerisi geliştirir. | ||||||
| 0 | Bir danışman yardımıyla ya da bireysel olarak bilimsel veya teknik bir sorunu tanımlar, çözümü ile ilgili öneriler getirebilir ve gerektiğinde çözer. | X | |||||
| 0 | Eğitim, uygulama ve araştırma faaliyetlerinin tüm basamaklarında etik ve mesleki ilkelere uygun davranma becerisi geliştirir. Elde edilen sonuçları kalite kriterleri çerçevesinde değerlendirir. | ||||||
| 0 | Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetleyebilir ve bu değerleri öğretebilir. | ||||||
Değerlendirme Sistemi
| Katkı Düzeyi | Mutlak Değerlendirme | |
| Ara Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
| Genel Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
| Toplam | 100 | |