Fakülte ve enstitümüzün önemli hedeflerinden biriside, sağlık alanındaki mühendislik uygulamaları çerçevesinde sağlık kurum/kuruluşları ve sağlık endüstrisi ile üniversitemiz arasında köprü vazifesi görmektir. Sağlık sistemleri mühendisliği, teknik ve yönetsel açıdan dinamik ve karmaşık bir yapıya sahip olan sağlık organizasyonlarının bir bütün olarak hedeflenen amaçlar doğrultusunda tasarlanması ve yönlendirilebilmesi için;
i. Endüstri/Sistem Mühendisliği ve Sağlık Bilimleri alanlarındaki bilgi, teknik ve becerilerin birleştirilmesi ile oluşturulmuş, çevre, kalite ve etik değerleri dikkate alan,
ii. İnsan, makine, para, zaman, bilgi, teknoloji ve enerji kaynaklı sistemlerin tasarlanması, üretilmesi, yönetilmesi ve sürekli iyileştirilmesi için gerekli yaklaşımları ve yöntemleri öğretmeyi amaçlayan bir eğitim programıdır.
Bu program değişik mühendislik, fen, sosyal ve sağlık bilimleri disiplinlerinden gelen yerli ve yabancı öğrencileri küreselleşen sağlık sistem ve organizasyonlarının tasarım ve yönetiminde rol oynayacak, modern ve rekabetçi bilgi, bilimsel yaklaşım ve teknikler ile donanmış uygulamacı ve yöneticiler olarak yetiştirmeyi hedeflemektedir.
Bu programda, alanında uluslararası düzeyde başarıya sahip öğretim üyelerinden eğitim alma ve beraber araştırma çalışmaları yürütme imkânına sahip olacak olan lisansüstü öğrencilerimizin, sağlık alanında faaliyet gösteren özel ve kamu kurum/kuruluşlar bünyesinde istihdam edilebilecek donanımda yetişmeleri ve bir kısmının da eğitimde sürecinde elde ettikleri araştırma tecrübeleri ile kendi işlerini kurup araştırmalarını inovasyona dönüştürme imkânına sahip olabilecek bireyler olarak yetişmeleri amaçlanmıştır.