Mikroorganizmaların örnekte saptanmasında, tanımlanmalarında ve antimikrobiyal direncin belirlenmesinde kullanılan moleküler biyoloji tekniklerini açıklamak ve temel teknikleri uygulamak
Course Content
Bu ders; Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması),Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler,Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ,Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR),RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR,Dijital PCR,Sanger dizileme yöntemi,Yeni nesil dizileme yöntemleri - I,Yeni nesil dizileme yöntemleri - II,Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması,Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler,Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında güncel yöntemler,Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri,Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Teaching Methods
Assessment Methods
Mikrobiyoloji alanında kullanılan moleküler yöntemleri açıklar ve temel yöntemleri uygular
10, 16, 17, 9
A
Moleküler biyoloji testlerinde karşılaşılan sorunları değerlendirir ve çözüm önerileri sunar.
10, 16, 17, 9
A
Genetik bilgiye ulaşma kaynaklarını ve kullanılan bilgisayar programlarını sıralar.
16, 6, 9
A
Teaching Methods:
10: Tartışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 17: Deney yapma Tekniği, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli, 9: Anlatım Yöntemi
Assessment Methods:
A: Klasik Yazılı Sınav
Course Outline
Order
Subjects
Preliminary Work
1
Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması)
2
Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler
3
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)
4
Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR)
5
RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR
6
Dijital PCR
7
Sanger dizileme yöntemi
8
Yeni nesil dizileme yöntemleri - I
9
Yeni nesil dizileme yöntemleri - II
10
Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması
11
Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler
Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri
14
Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri
Resources
1. Koneman's Color Atlas And Textbook of Diagnostic Microbiology. 7th edt. Jones & Bartlett Learning; 2016.
2. PCR Detection of Microbial Pathogens. Humana Press, 2016.
3. Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice. 3. Edt. ASM Press, 2016
Course Contribution to Program Qualifications
Course Contribution to Program Qualifications
No
Program Qualification
Contribution Level
1
2
3
4
5
1
Bilimsel araştırmaların planlanması ve istatistiksel değerlendirmesini yapar, sonuçlarını hakemli bir dergide yayinlamak uzere makale hazirlar ve/veya bilimsel bir toplantıda sunar.
X
2
Tıbbi Mikrobiyoloji alanında kullanılan laboratuvar yöntemlerini bilir ve mikroorganizmalarla ilgili deneysel calisma tasarimi yapar.
X
3
Mikrobiyoloji alanında yüksek düzeyde güncel bilimsel bilgi ve beceri kazanır ve alanındaki yenilikleri takip eder.
X
4
Uygulamalı temel mikrobiyoloji laboratuvarında rutin ve araştırma amacına hizmet eden cihaz ve aletlerin kullanımını bilir
X
5
Bilimsel çalışma sonuçlarını uzmanlik düzeyinde istatistiksel analizlerini yapma, degerlendirme, savunma ve yazili ya da sozlu sunma yetenekleri geliştirir.
6
Bilimsel proje yazma yetkinligi gelistirir.
X
7
Bilimsel ve teknik bir sorunu çözer.
X
8
Tıbbi Mikrobiyoloji alanı ile ilgili toplantılara katılır, bildiri sunar, tartışmalara katılır, seminerler verir
X
9
Mikrobiyal hastalıkları ve etiyolojisini uzmanlık düzeyinde anlar ve yorumlar.
X
Assessment Methods
Contribution Level
Absolute Evaluation
Rate of Midterm Exam to Success
50
Rate of Final Exam to Success
50
Total
100
ECTS / Workload Table
Activities
Number of
Duration(Hour)
Total Workload(Hour)
Ders Saati
14
6
84
Rehberli Problem Çözme
14
6
84
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi
1
20
20
Okul Dışı Diğer Faaliyetler
0
0
0
Proje Sunumu / Seminer
0
0
0
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı
0
0
0
Ara Sınav ve Hazırlığı
7
8
56
Genel Sınav ve Hazırlığı
12
9
108
Performans Görevi, Bakım Planı
12
7
84
Total Workload(Hour)
436
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(436/30)
15
ECTS of the course: 30 hours of work is counted as 1 ECTS credit.
Detail Informations of the Course
Course Description
Course
Code
Semester
T+P (Hour)
Credit
ECTS
MİKROBİYOLOJİDE MOLEKÜLER YÖNTEMLER
MKBD2131390
Güz Dönemi
2+4
4
15
Course Program
Prerequisites Courses
Recommended Elective Courses
Language of Course
Türkçe
Course Level
Doktora
Course Type
Programa Bağlı Seçmeli
Course Coordinator
Dr.Öğr.Üye. Özlem GÜVEN
Name of Lecturer(s)
Dr.Öğr.Üye. Özlem GÜVEN
Assistant(s)
Aim
Mikroorganizmaların örnekte saptanmasında, tanımlanmalarında ve antimikrobiyal direncin belirlenmesinde kullanılan moleküler biyoloji tekniklerini açıklamak ve temel teknikleri uygulamak
Course Content
Bu ders; Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması),Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler,Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ,Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR),RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR,Dijital PCR,Sanger dizileme yöntemi,Yeni nesil dizileme yöntemleri - I,Yeni nesil dizileme yöntemleri - II,Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması,Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler,Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında güncel yöntemler,Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri,Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Teaching Methods
Assessment Methods
Mikrobiyoloji alanında kullanılan moleküler yöntemleri açıklar ve temel yöntemleri uygular
10, 16, 17, 9
A
Moleküler biyoloji testlerinde karşılaşılan sorunları değerlendirir ve çözüm önerileri sunar.
10, 16, 17, 9
A
Genetik bilgiye ulaşma kaynaklarını ve kullanılan bilgisayar programlarını sıralar.
16, 6, 9
A
Teaching Methods:
10: Tartışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 17: Deney yapma Tekniği, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli, 9: Anlatım Yöntemi
Assessment Methods:
A: Klasik Yazılı Sınav
Course Outline
Order
Subjects
Preliminary Work
1
Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması)
2
Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler
3
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)
4
Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR)
5
RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR
6
Dijital PCR
7
Sanger dizileme yöntemi
8
Yeni nesil dizileme yöntemleri - I
9
Yeni nesil dizileme yöntemleri - II
10
Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması
11
Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler
Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri
14
Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri
Resources
1. Koneman's Color Atlas And Textbook of Diagnostic Microbiology. 7th edt. Jones & Bartlett Learning; 2016.
2. PCR Detection of Microbial Pathogens. Humana Press, 2016.
3. Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice. 3. Edt. ASM Press, 2016
Course Contribution to Program Qualifications
Course Contribution to Program Qualifications
No
Program Qualification
Contribution Level
1
2
3
4
5
1
Bilimsel araştırmaların planlanması ve istatistiksel değerlendirmesini yapar, sonuçlarını hakemli bir dergide yayinlamak uzere makale hazirlar ve/veya bilimsel bir toplantıda sunar.
X
2
Tıbbi Mikrobiyoloji alanında kullanılan laboratuvar yöntemlerini bilir ve mikroorganizmalarla ilgili deneysel calisma tasarimi yapar.
X
3
Mikrobiyoloji alanında yüksek düzeyde güncel bilimsel bilgi ve beceri kazanır ve alanındaki yenilikleri takip eder.
X
4
Uygulamalı temel mikrobiyoloji laboratuvarında rutin ve araştırma amacına hizmet eden cihaz ve aletlerin kullanımını bilir
X
5
Bilimsel çalışma sonuçlarını uzmanlik düzeyinde istatistiksel analizlerini yapma, degerlendirme, savunma ve yazili ya da sozlu sunma yetenekleri geliştirir.
6
Bilimsel proje yazma yetkinligi gelistirir.
X
7
Bilimsel ve teknik bir sorunu çözer.
X
8
Tıbbi Mikrobiyoloji alanı ile ilgili toplantılara katılır, bildiri sunar, tartışmalara katılır, seminerler verir
X
9
Mikrobiyal hastalıkları ve etiyolojisini uzmanlık düzeyinde anlar ve yorumlar.
