Bu ders, temel kavramlar, algoritmalar, yapılar ve veri tabanları, alanın tarihsel gelişimi, uygulamaları ve alandaki ilgili gelişmeleri içeren biyoinformatik alanına bir giriş sağlar. Ders, biyoinformatik dizi analizinin temellerini ve ilgili araçları ve veritabanlarını kapsar. Kapsanan konular arasında ikili hizalama, puan matrisleri, dizi veritabanı araması, biyolojik ağlar, ağ analizi ve makine öğrenimi teknikleri ve görselleştirme yer alır. Ders ayrıca genom ve gen kavramları dahil olmak üzere moleküler biyolojinin temellerine genel bir bakış sunar ve genom tarayıcılarına ve merkezi biyolojik veri tabanlarına ve bilgi temellerine bir giriş içerir.
Dersin İçeriği
Bu ders; Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır.,Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar.,sonek ağaçları ve diziler,Sıra Hizalamanın temelleri ,ikili dizi hizalaması ,çoklu dizi hizalaması ,Veritabanları ve veritabanı araması ,Mikrodizi veri analizi,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar-2,Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi,Filogenetik Ağaçlar ,Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz,Proje Sunumları; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Öğretim Yöntemleri
Ölçme Yöntemleri
1. Biyolojik ağlara yönelik temel yaklaşımları tanıyarak görselleştirir
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
2. Biyolojik veritabanlarını ve bilgi tabanlarını, makine öğrenimini ve ağ analizini kullanır
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
3. İkili yerel ve global dizi hizalama algoritmasının teknik yönlerini karşılaştırır.
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
4. Dizi hizalaması ile ilgili moleküler biyoloji ve evrimin temellerini açıklar.
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
5. İkili yerel ve global dizi hizalama algoritmasının teknik yönlerini karşılaştırın.
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
6. Biyolojik dizilerin hizalanması için dinamik programlama algoritmalarını kullanır
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
7. Biyoenformatik alanındaki merkezi konu ve kavramlar hakkında çıkarımda bulunur
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
Öğretim Yöntemleri:
10: Tartışma Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 9: Anlatım Yöntemi
Ölçme Yöntemleri:
A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi, G: Kısa Sınav
Ders Akışı
Sıra
Konular
Ön Hazırlık
1
Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır.
2
Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar.
3
sonek ağaçları ve diziler
4
Sıra Hizalamanın temelleri
5
ikili dizi hizalaması
6
çoklu dizi hizalaması
7
Veritabanları ve veritabanı araması
8
Mikrodizi veri analizi
9
Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar
10
Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar-2
11
Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi
12
Filogenetik Ağaçlar
13
Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz
14
Proje Sunumları
Kaynak
"No specific text book, notes will be made available, including in class notes, (sometimes) slides, research papers, book chapters, etc.
Recommendaed Reference: Understanding Bioinformatics Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum"
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
No
Program Yeterliliği
Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1
Mühendislik alanında bilimsel araştırma yaparak bilgiye genişlemesine ve derinlemesine ulaşır, bilgiyi değerlendirir, yorumlar ve uygular.
X
2
Mühendislikte uygulanan güncel teknik ve yöntemler ile bunların kısıtları hakkında kapsamlı bilgi sahibidir ve mühendisliğin ilişki kurduğu disiplinler arası etkileşimi kavrayabilir.
X
3
Analitik, modelleme ve deneysel esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık durumları yorumlar, yeni ve özgün fikirler geliştirerek çözümler.
X
4
Sınırlı ya da eksik verileri kullanarak bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; değişik disiplinlere ait bilgileri bütünleştirir.
X
5
Mühendislik ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir.
X
6
Çok disiplinli takımlarda liderlik yapar, çözüm yaklaşımları geliştirir ve sorumluluk alır.
7
Mesleğinin yeni ve gelişmekte olan uygulamalarının farkındadır; gerektiğinde bunları inceler ve öğrenir.
X
8
Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü B2 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır.
X
9
Mühendislik uygulamalarının sosyal ve çevresel boyutlarını betimler.
10
Verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında ve mesleki tüm etkinliklerde toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetir.
X
Değerlendirme Sistemi
Katkı Düzeyi
Mutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı
50
Genel Sınavın Başarıya Oranı
50
Toplam
100
AKTS / İşyükü Tablosu
Etkinlik
Sayı
Süresi (Saat)
Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Saati
14
3
42
Rehberli Problem Çözme
14
2
28
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi
1
40
40
Okul Dışı Diğer Faaliyetler
0
0
0
Proje Sunumu / Seminer
1
30
30
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı
5
1
5
Ara Sınav ve Hazırlığı
1
40
40
Genel Sınav ve Hazırlığı
1
40
40
Performans Görevi, Bakım Planı
0
0
0
Toplam İş Yükü (Saat)
225
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(225/30)
8
Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır.
Dersin Detaylı Bilgileri
Ders Tanımı
Ders
Kodu
Yarıyıl
T+U Saat
Kredi
AKTS
UYGULAMALI BİYOENFORMATİK
BEBY1112978
Güz Dönemi
3+0
3
8
Ders Programı
Perşembe 16:30-17:15
Perşembe 17:30-18:15
Perşembe 18:30-19:15
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Türü
Programa Bağlı Seçmeli
Dersin Koordinatörü
Prof.Dr. Reda ALHAJJ
Dersi Verenler
Prof.Dr. Reda ALHAJJ
Dersin Yardımcıları
Dersin Amacı
Bu ders, temel kavramlar, algoritmalar, yapılar ve veri tabanları, alanın tarihsel gelişimi, uygulamaları ve alandaki ilgili gelişmeleri içeren biyoinformatik alanına bir giriş sağlar. Ders, biyoinformatik dizi analizinin temellerini ve ilgili araçları ve veritabanlarını kapsar. Kapsanan konular arasında ikili hizalama, puan matrisleri, dizi veritabanı araması, biyolojik ağlar, ağ analizi ve makine öğrenimi teknikleri ve görselleştirme yer alır. Ders ayrıca genom ve gen kavramları dahil olmak üzere moleküler biyolojinin temellerine genel bir bakış sunar ve genom tarayıcılarına ve merkezi biyolojik veri tabanlarına ve bilgi temellerine bir giriş içerir.
Dersin İçeriği
Bu ders; Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır.,Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar.,sonek ağaçları ve diziler,Sıra Hizalamanın temelleri ,ikili dizi hizalaması ,çoklu dizi hizalaması ,Veritabanları ve veritabanı araması ,Mikrodizi veri analizi,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar-2,Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi,Filogenetik Ağaçlar ,Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz,Proje Sunumları; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Öğretim Yöntemleri
Ölçme Yöntemleri
1. Biyolojik ağlara yönelik temel yaklaşımları tanıyarak görselleştirir
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
2. Biyolojik veritabanlarını ve bilgi tabanlarını, makine öğrenimini ve ağ analizini kullanır
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
3. İkili yerel ve global dizi hizalama algoritmasının teknik yönlerini karşılaştırır.
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
4. Dizi hizalaması ile ilgili moleküler biyoloji ve evrimin temellerini açıklar.
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
5. İkili yerel ve global dizi hizalama algoritmasının teknik yönlerini karşılaştırın.
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
6. Biyolojik dizilerin hizalanması için dinamik programlama algoritmalarını kullanır
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
7. Biyoenformatik alanındaki merkezi konu ve kavramlar hakkında çıkarımda bulunur
10, 14, 16, 9
A, E, F, G
Öğretim Yöntemleri:
10: Tartışma Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 9: Anlatım Yöntemi
Ölçme Yöntemleri:
A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi, G: Kısa Sınav
Ders Akışı
Sıra
Konular
Ön Hazırlık
1
Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır.
2
Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar.
3
sonek ağaçları ve diziler
4
Sıra Hizalamanın temelleri
5
ikili dizi hizalaması
6
çoklu dizi hizalaması
7
Veritabanları ve veritabanı araması
8
Mikrodizi veri analizi
9
Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar
10
Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar-2
11
Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi
12
Filogenetik Ağaçlar
13
Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz
14
Proje Sunumları
Kaynak
"No specific text book, notes will be made available, including in class notes, (sometimes) slides, research papers, book chapters, etc.
Recommendaed Reference: Understanding Bioinformatics Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum"
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
No
Program Yeterliliği
Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1
Mühendislik alanında bilimsel araştırma yaparak bilgiye genişlemesine ve derinlemesine ulaşır, bilgiyi değerlendirir, yorumlar ve uygular.
X
2
Mühendislikte uygulanan güncel teknik ve yöntemler ile bunların kısıtları hakkında kapsamlı bilgi sahibidir ve mühendisliğin ilişki kurduğu disiplinler arası etkileşimi kavrayabilir.
X
3
Analitik, modelleme ve deneysel esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular; bu süreçte karşılaşılan karmaşık durumları yorumlar, yeni ve özgün fikirler geliştirerek çözümler.
X
4
Sınırlı ya da eksik verileri kullanarak bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlar ve uygular; değişik disiplinlere ait bilgileri bütünleştirir.
X
5
Mühendislik ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir.
X
6
Çok disiplinli takımlarda liderlik yapar, çözüm yaklaşımları geliştirir ve sorumluluk alır.
7
Mesleğinin yeni ve gelişmekte olan uygulamalarının farkındadır; gerektiğinde bunları inceler ve öğrenir.
X
8
Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü B2 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır.
X
9
Mühendislik uygulamalarının sosyal ve çevresel boyutlarını betimler.
10
Verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında ve mesleki tüm etkinliklerde toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetir.
