Mikroorganizmaların örnekte saptanmasında, tanımlanmalarında ve antimikrobiyal direncin belirlenmesinde kullanılan moleküler biyoloji tekniklerini açıklamak ve temel teknikleri uygulamak
Dersin İçeriği
Bu ders; Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması),Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler,Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ,Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR),RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR,Dijital PCR,Sanger dizileme yöntemi,Yeni nesil dizileme yöntemleri - I,Yeni nesil dizileme yöntemleri - II,Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması,Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler,Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında güncel yöntemler,Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri,Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Öğretim Yöntemleri
Ölçme Yöntemleri
Mikrobiyoloji alanında kullanılan moleküler yöntemleri açıklar ve temel yöntemleri uygular
10, 16, 17, 9
A
Moleküler biyoloji testlerinde karşılaşılan sorunları değerlendirir ve çözüm önerileri sunar.
10, 16, 17, 9
A
Genetik bilgiye ulaşma kaynaklarını ve kullanılan bilgisayar programlarını sıralar.
16, 6, 9
A
Öğretim Yöntemleri:
10: Tartışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 17: Deney yapma Tekniği, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli, 9: Anlatım Yöntemi
Ölçme Yöntemleri:
A: Klasik Yazılı Sınav
Ders Akışı
Sıra
Konular
Ön Hazırlık
1
Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması)
2
Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler
3
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)
4
Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR)
5
RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR
6
Dijital PCR
7
Sanger dizileme yöntemi
8
Yeni nesil dizileme yöntemleri - I
9
Yeni nesil dizileme yöntemleri - II
10
Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması
11
Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler
Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri
14
Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri
Kaynak
1. Koneman's Color Atlas And Textbook of Diagnostic Microbiology. 7th edt. Jones & Bartlett Learning; 2016.
2. PCR Detection of Microbial Pathogens. Humana Press, 2016.
3. Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice. 3. Edt. ASM Press, 2016
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
No
Program Yeterliliği
Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1
Bilimsel araştırmaların planlanması ve istatistiksel değerlendirmesini yapar, sonuçlarını hakemli bir dergide yayinlamak uzere makale hazirlar ve/veya bilimsel bir toplantıda sunar.
X
2
Tıbbi Mikrobiyoloji alanında kullanılan laboratuvar yöntemlerini bilir ve mikroorganizmalarla ilgili deneysel calisma tasarimi yapar.
X
3
Mikrobiyoloji alanında yüksek düzeyde güncel bilimsel bilgi ve beceri kazanır ve alanındaki yenilikleri takip eder.
X
4
Uygulamalı temel mikrobiyoloji laboratuvarında rutin ve araştırma amacına hizmet eden cihaz ve aletlerin kullanımını bilir
X
5
Bilimsel çalışma sonuçlarını uzmanlik düzeyinde istatistiksel analizlerini yapma, degerlendirme, savunma ve yazili ya da sozlu sunma yetenekleri geliştirir.
6
Bilimsel proje yazma yetkinligi gelistirir.
X
7
Bilimsel ve teknik bir sorunu çözer.
X
8
Tıbbi Mikrobiyoloji alanı ile ilgili toplantılara katılır, bildiri sunar, tartışmalara katılır, seminerler verir
X
9
Mikrobiyal hastalıkları ve etiyolojisini uzmanlık düzeyinde anlar ve yorumlar.
X
Değerlendirme Sistemi
Katkı Düzeyi
Mutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı
50
Genel Sınavın Başarıya Oranı
50
Toplam
100
AKTS / İşyükü Tablosu
Etkinlik
Sayı
Süresi (Saat)
Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Saati
14
6
84
Rehberli Problem Çözme
14
6
84
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi
1
20
20
Okul Dışı Diğer Faaliyetler
0
0
0
Proje Sunumu / Seminer
0
0
0
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı
0
0
0
Ara Sınav ve Hazırlığı
7
8
56
Genel Sınav ve Hazırlığı
12
9
108
Performans Görevi, Bakım Planı
12
7
84
Toplam İş Yükü (Saat)
436
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(436/30)
15
Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır.
Dersin Detaylı Bilgileri
Ders Tanımı
Ders
Kodu
Yarıyıl
T+U Saat
Kredi
AKTS
MİKROBİYOLOJİDE MOLEKÜLER YÖNTEMLER
-
Güz Dönemi
2+4
4
15
Ders Programı
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Dili
Türkçe
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Türü
Programa Bağlı Seçmeli
Dersin Koordinatörü
Dr.Öğr.Üye. Özlem GÜVEN
Dersi Verenler
Öğr.Gör. Hatice Esra AĞEL
Dersin Yardımcıları
Dersin Amacı
Mikroorganizmaların örnekte saptanmasında, tanımlanmalarında ve antimikrobiyal direncin belirlenmesinde kullanılan moleküler biyoloji tekniklerini açıklamak ve temel teknikleri uygulamak
Dersin İçeriği
Bu ders; Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması),Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler,Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ,Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR),RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR,Dijital PCR,Sanger dizileme yöntemi,Yeni nesil dizileme yöntemleri - I,Yeni nesil dizileme yöntemleri - II,Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması,Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler,Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında güncel yöntemler,Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri,Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Öğretim Yöntemleri
Ölçme Yöntemleri
Mikrobiyoloji alanında kullanılan moleküler yöntemleri açıklar ve temel yöntemleri uygular
10, 16, 17, 9
A
Moleküler biyoloji testlerinde karşılaşılan sorunları değerlendirir ve çözüm önerileri sunar.
10, 16, 17, 9
A
Genetik bilgiye ulaşma kaynaklarını ve kullanılan bilgisayar programlarını sıralar.
16, 6, 9
A
Öğretim Yöntemleri:
10: Tartışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 17: Deney yapma Tekniği, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli, 9: Anlatım Yöntemi
Ölçme Yöntemleri:
A: Klasik Yazılı Sınav
Ders Akışı
Sıra
Konular
Ön Hazırlık
1
Mikroorganizma genetik bilgisine erişim (web siteleri, programlar ve kullanım uygulaması)
2
Nükleik asit izolasyonunda kullanılan yöntemler
3
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)
4
Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR)
5
RNA saptanmasında kullanılan yöntemler; RT-PCR, RT-qPCR
6
Dijital PCR
7
Sanger dizileme yöntemi
8
Yeni nesil dizileme yöntemleri - I
9
Yeni nesil dizileme yöntemleri - II
10
Mikrobiyal tüm genom dizileme: klinik mikrobiyoloji ve halk sağlığı alanında uygulanması
11
Mikroorganizma genotiplendirmede kullanılan yöntemler
Moleküler biyolojide kullanılan yöntemlerde karşılaşılan teknik sorunlar ve çözüm önerileri
14
Moleküler mikrobiyoloji testlerinde özgüllük, duyarlılık ve sonuçların yorumlanmasıyla ilgili sorunlar ve çözüm önerileri
Kaynak
1. Koneman's Color Atlas And Textbook of Diagnostic Microbiology. 7th edt. Jones & Bartlett Learning; 2016.
2. PCR Detection of Microbial Pathogens. Humana Press, 2016.
3. Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice. 3. Edt. ASM Press, 2016
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
No
Program Yeterliliği
Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1
Bilimsel araştırmaların planlanması ve istatistiksel değerlendirmesini yapar, sonuçlarını hakemli bir dergide yayinlamak uzere makale hazirlar ve/veya bilimsel bir toplantıda sunar.
X
2
Tıbbi Mikrobiyoloji alanında kullanılan laboratuvar yöntemlerini bilir ve mikroorganizmalarla ilgili deneysel calisma tasarimi yapar.
X
3
Mikrobiyoloji alanında yüksek düzeyde güncel bilimsel bilgi ve beceri kazanır ve alanındaki yenilikleri takip eder.
X
4
Uygulamalı temel mikrobiyoloji laboratuvarında rutin ve araştırma amacına hizmet eden cihaz ve aletlerin kullanımını bilir
X
5
Bilimsel çalışma sonuçlarını uzmanlik düzeyinde istatistiksel analizlerini yapma, degerlendirme, savunma ve yazili ya da sozlu sunma yetenekleri geliştirir.
6
Bilimsel proje yazma yetkinligi gelistirir.
X
7
Bilimsel ve teknik bir sorunu çözer.
X
8
Tıbbi Mikrobiyoloji alanı ile ilgili toplantılara katılır, bildiri sunar, tartışmalara katılır, seminerler verir
X
9
Mikrobiyal hastalıkları ve etiyolojisini uzmanlık düzeyinde anlar ve yorumlar.
