Geri
AKADEMİK
Geri Dön

Ders Tanımı

Ders Kodu Yarıyıl T+U Saat Kredi AKTS
İLERİ BİYOKİMYA II 2+0 2 6
Ders Programi Henüz Hazırlanmamıştır.
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Dili Türkçe
Dersin Seviyesi Doktora
Dersin Türü Programa Bağlı Seçmeli
Dersin Koordinatörü Prof.Dr. Neslin EMEKLİ
Dersi Verenler Prof.Dr. Neslin EMEKLİ, Prof.Dr. Türkan YİĞİTBAŞI, Dr.Öğr.Üye. Sultan Sibel ERDEM, Dr.Öğr.Üye. Gözde ÜLFER, Doç.Dr. Mukaddes ÇOLAKOĞULLARI
Dersin Yardımcıları
Dersin Amacı Hücrede gerçekleşen reaksiyonlardaki proteinleri detaylı ve ileri teknolojiler ışığında değerlendirmek
Dersin İçeriği Bu ders; Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Lipid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Protein sentezindeki proteinler ve özellikleri,Nükleik asid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinler ve özellikleri,Arteryal dokuda yer alan proteinler ve özellikleri,Sinyal iletimi,Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerin özellikleri,Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonu,Protein komplekslerinin karakterizasyonu,Proteinlerin fosforilasyon mekanizması,Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi,Kişisel tıpta proteomiksin anlamı,Bioinformatiğin biyokimyada önemi; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları Öğretim Yöntemleri Ölçme Yöntemleri
1-Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinleri sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
1.4.Früktozun metabolik yolundaki proteinleri ve patolojileri tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
1.5.Galaktozun metabolik yolundaki proteinleri ve patolojilerini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
2- Lipid metabolizmasındaki proteinleri sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
2.2.Ateroskleroz gelişimini önlediği düşünülen düşük dansiteli lipoproteinleri kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
2.3.HDL ile ilgili LC-MC teknikleri ile yapılan araştırmaları tartışır 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
2.4.LDL ile ilgili LC-MC teknikleri ile yapılan araştırmaları tartışır 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
3-Protein sentezindeki proteinler ve özellikleri 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
4-Nükleik asid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
5-Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinleri sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
5.3.Kanama diyatezine neden olan proteinleri kimyasal ya da biyoteknolojik yöntemlerle elde etmeyi düşünür 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
6-Arteryal dokuda yer alan proteinleri sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
6.3.Kardiovasküler hastalıklarda endotelden salınan proteinlerin önemini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
6.4.Bu sistemlerde rol oynayan proteinleri iki dimensiyonlu elektroforez, nano likid kromatografi, nLC-MS/MS yöntemleri ile değerlendirmenin anlamını kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7-Sinyal iletimini sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7.1.Sinyal moleküllerinin genel özelliklerini kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7.5.Endokrin, parakrin ve otokrin etkileri tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
8- Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerini sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
8.1.Membran proteinlerin tanıma, sinyal iletme, taşıma, hücre yapısını koruma görevlerini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
8.2.Çeşitli patolojilerde değişebilen sitozol proteinlerinin proteomunu kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
8.3.Sitozol ve membran proteinlerinin çeşitli proteomiks yaklaşımları hakkında bilgi sahibi olur 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
8.4.Hücrenin nukleus ve diğer organellerinin membran ve sitozol proteinlerini kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
8.5.Membran ve sitozoldeki proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonlarını sorgular 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
9- Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonunu sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
10- Protein komplekslerinin karakterizasyonunu sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
11- Proteinlerin fosforilasyon mekanizmasını sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
12-Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
13-Kişisel tıpta proteomiksin anlamı sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
14-Bioinformatiğin biyokimyada önemi sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
1.1. Glikojen yapım ve yıkımındaki proteinleri ve patolojilerini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
1.2. Glikoliz yolundaki proteinlerin özelliklerini ve hemolitik anemileri tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
1.3. Pentoz fosfat yolundaki proteinlerin özelliklerini ve patolojilerini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
2.1. Ateroskleroz gelişimini önlediği düşünülen yüksek dansiteli lipoprotenleri kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
2.5. Lipid metabolizmasında etkin olan bu lipoproteinleri tedaviye yönelik sorgular 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
5.1. Koagulasyon proteinlerinin trombus gelişiminde ve kanama diyatezindeki rolünü kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
5.2. Trombus gelişiminde etkin olan plazma proteinlerini araştırır 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
5.4. Bu proteinlerin etki mekanizmasını kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
6.1. Kardiovasküler, serebrovasküler ve periferik damar hastalıklarına neden olan mekanizmayı kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
6.2. Kardiovasküler hastalıklarda plazma proteinlerinin önemini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
6.5. Aterosklerozun altında yatan mekanizmayı sorgulayabilir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7.2. Hedef hücre reseptörlerini, hücresel cevabı, nörotransmitterlerin özelliklerini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7.3. Endokrin sistemdeki hormonların, immun sistemdeki sitokinlerin ve diğer sinyal moleküllerin özelliklerini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7.4. Reseptör ve hedef hücre cevabı arasındaki ilişkiyi kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7.6. Önemli plazma membran reseptörlerini tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
7.7. Hedef hücre cevabındaki tirozin kinaz reseptörleri, RAS ve eMAP kinaz yolu, fosfotidil inozitol fosfat, insülin reseptör, JAK-STAT reseptörleri, serin-treonin kinaz, hepahelikal reseptörler…gibi çeşitli yolları tanımlar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
8.6. LC-MS/MS ile membran ve sitozolik proteinlerin analizlerini ve tanımlanmasını kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
9.1. Farklı posttrasnlasyonel modifikasyonları öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
9.2. Hücre içi posttranslasyonel modifikasyon mekanizmalarını öğrenir 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
9.3. Posttranslasyonel modifikasyonların amacını ve protein üzerindeki etkisini kavrar 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
9.4. Bu modifikasyonların kalitatif ve kantitatif analizini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
9.5. posttranslasyonel modifikasyonların hücre içi etkisini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
10.1. Protein komplekslerinin oluşum mekanizmalarını anlar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
10.2. Protein-protein etkileşimlerini analiz etmeyi öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
10.3. Protein analizleri için gerekli analitik yöntemleri kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
10.4. Protein-protein etkileşiminin kinetiğini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
10.5. Protein komplekslerinin analizindeki ileri yöntemleri öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
11.1. Fosforilasyonun biyolojik anlamını kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
11.2. Protein fosforilasyon mekanizmalarını kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
11.3. Fosforilasyonların nasıl analiz edilebileceğini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
11.4. Hücre içi sinyal ileti analizini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
11.5. Analiz için gerekli yazılımları ve donanımları kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
12.1. Biyobelirteç keşfini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
12.2. Hastalık mekanizmalarında proteomiksin yerini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
12.3. Numune hazırlama ve analiz yöntemlerini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
12.4. Biyobelirteç keşfinde istatistiğin önemini kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
12.5. Mevcut teknolojinin sınırlarını ve eksiklerini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
13.1. kişiye özgü ilaç gelirtirmede proteomiksin yerini kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
13.2. Farklı analiz yöntemlerini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
13.3. Hastalığa göre gerekli deneysel yöntemi ve yorumlamayı öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
13.4. Kişisel tıpta proteomiksin potansiyelini öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
13.5. Verilerini nasıl anlamlaştıracağını öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
14.1. Karmaşık yolak analizlerini kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
14.2. Farklı omik yaklaşımları birlikte kullanmayı öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
14.3. Biyoinformatiğin sağlayabileceği bilgileri kavrar. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
14.4. Moleküler düzeyde analiz yapmayı öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
14.5. Biyoinformatikte kullanılan yöntemleri ve yazılımları öğrenir. 1, 10, 2, 3, 4, 5 A, B, C
Öğretim Yöntemleri: 1: Anlatım, 10: Beyin Fırtınası, 2: Soru - Cevap, 3: Tartışma, 4: Alıştırma ve Uygulama, 5: Gösteri
Ölçme Yöntemleri: A: Yazılı sınav, B: Sözlü Sınav, C: Ödev
Haftalık ders konuları ve öğrenim hedefleri için tıklayınız.

Ders Akışı

Sıra Konular Ön Hazırlık
1 Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri 1, 2, 3, 4, 5, 6
2 Lipid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri 1, 2, 3, 4, 5, 6
3 Protein sentezindeki proteinler ve özellikleri 1, 2, 3, 4, 5, 6
4 Nükleik asid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri 1, 2, 3, 4, 5, 6
5 Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinler ve özellikleri 1, 2, 3, 4, 5, 6
6 Arteryal dokuda yer alan proteinler ve özellikleri 1, 2, 3, 4, 5, 6
7 Sinyal iletimi 1, 2, 3, 4, 5, 6
8 Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerin özellikleri 1, 2, 3, 4, 5, 6
9 Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonu 1, 2, 3, 4, 5, 6
10 Protein komplekslerinin karakterizasyonu 1, 2, 3, 4, 5, 6
11 Proteinlerin fosforilasyon mekanizması 1, 2, 3, 4, 5, 6
12 Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi 1, 2, 3, 4, 5, 6
13 Kişisel tıpta proteomiksin anlamı 1, 2, 3, 4, 5, 6
14 Bioinformatiğin biyokimyada önemi 1, 2, 3, 4, 5, 6
Kaynaklar
1) Vascular Proteomics/Methods and protokols Ed.Fernando Vivanco Humana Pres 2013 2) Timothy D. Veenstra. Proteomic Applications in Cancer Detection and Discovery, Wiley&Sons Inc,New Jersey, 2013 3) Lieberman M, Marks AD. Marks’ Basic medical biochemistry 3. Baskı, Lippincott Williams&Wilkins, 2010. 4) Bishop ML, Fody EP,Schoeff LE. Clinical Chemistry 7.Baskı,s.323-334. Lippincott, 2013. 5) Henry’s Clinical Diagnosisand Management by Laboratory Method,.22.Baskı,Eds.Pherson RA, Pincus MR,Elsevier-Saunders, 2011. 6) Harper Biochemistry (Last Edition)

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
No Program Yeterliliği Katkı Düzeyi
1 2 3 4 5
0
Hücre ve vücut sıvılarında bulunan makro ve mikromolekülleri ileri düzeyde tanımlar.
X
0
Analiz edilecek materyalın nasıl saklanacağını, korunacağını bilir.
X
0
Hücre ve vücut sıvılarında bulunan moleküllerin nasıl tanımlanabileceğini bilir .
X
0
Rutin ve araştırma amaçlı kullanılacak teknolojilerin prensiplerini bilir.
X
0
Çalışma sonuçlarını nasıl değerlendireceğini bilir, yorumlar ve sorgular.
X
0
Alana özgü araç ve gereçlerin nasıl kullanılacağını bilir
X
0
Alana özgü kaynak ve bilgilere nasıl ulaşacağını ve nasıl yorumlanacağını bilir
X
0
Alanla ilgili disiplinlerle bilgi paylaşımı yapar
X
0
Kuramsal ve olgusal bilgilerini, eleştirisel düşünceleri ile birleştirerek bağımsız çalışma yapar, sonuçlarını değerlendirir, literatür bilgileri ile karşılaştırır, yazar ve bilimsel dergilere kabul ettirir.
X
0
Bilimsel ve teknik bir sorunu çözer, nereden yardım alması gerektiğini bilir.
X
0
Ortak bilimsel çalışmalarda sorumluluk alır, katkıda bulunur ve uyum içinde çalışır.
X
0
Biyokimya alanı ile ilgili toplantılara katılır, bildiri sunar, tartışmalara katılır, konferanslar verir, çalışmalarını alan özgü itibarlı dergilerde yayınlar
X
0
Biyokimya alanı ile ilgili verileri toplar, yorumlar, uygular, duyurur, , toplumsal kültürel çalışmalarda bulunur, bu çalışmaları bilimsel ve sosyal anlamda denetleyebilir.
X
0
Yönetim aktivitelerinde bulunabilir, elde ettiği sonuçları kaliteyi yükseltmek için değerlendirebilir.
X

Değerlendirme Sistemi

Değerlendirme Sistemi Mutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı   50
Genel Sınavın Başarıya Oranı   50
Toplam   100

AKTS - işyükü

AKTS / İşyükü Tablosu
Etkinlik Sayı Süresi
(Saat)
Toplam
İş Yükü
(Saat)
Ders Saati 14 2 28
Rehberli Problem Çözme 14 4 56
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi 0 0 0
Oku Dışı Diğer Faaliyetler 2 5 10
Proje Sunumu / Seminer 2 4 8
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı 0 0 0
Ara Sınav ve Hazırlığı 1 30 30
Genel Sınav ve Hazırlığı 1 35 35
Performans Görevi, Bakım Planı 0 0 0
Toplam İş Yükü (Saat) 167
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(48/30) 6
Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır.

Sayısal Veriler

Öğrenci Başarı Durumu