Ana içeriğe atla

Ders Detayı

Ders Tanımı

DersKoduYarıyılT+U SaatKrediAKTS
PROTEİN : YAPI VE FONKSİYON İLİŞ. İLERİ KONULAR-Güz Dönemi3+038
Ders Programı
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin DiliTürkçe
Dersin SeviyesiDoktora
Dersin TürüPrograma Bağlı Seçmeli
Dersin KoordinatörüDoç.Dr. Özge ŞENSOY
Dersi VerenlerDoç.Dr. Özge ŞENSOY
Dersin Yardımcıları
Dersin AmacıBu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olur. Bunun yanında, çeşitli amaçlar için protein dizayn edebilir. Son olarak, protein yapı tayininde kullanılan deneysel yöntemler hakkında bilgi sahibi olur.
Dersin İçeriğiBu ders; Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları,Protein Yapı Motifleri,Alfa-Domain Yapıları,Alfa-Beta Yapıları,Beta Yapıları,Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği,DNA yapısı,Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması,Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması,Membran proteinleri,Sinyal Transdüksiyonu,Fibröz Proteinler,Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması,Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme KazanımlarıÖğretim YöntemleriÖlçme Yöntemleri
Protein yapı, dinamik ve fonksiyon arasında ilişki kurar.10, 12, 14, 16, 19, 2, 20, 5A, F
Verilen bir fonksiyon için protein yapısı modeller.10, 12, 13, 16, 2, 4, 5A, F
Proteinlerin yapı ve fonksiyonunda meydana gelen problemler ile ilgili hastalık oluşumu arasında neden-sonuç ilişkisi kurar.10, 12, 13, 16, 19, 2, 20, 3, 5A, F
Protein modellenmesinde kullanılan programları kullanır.10, 12, 13, 16, 2, 20, 3, 5A, E, F
Biyoteknolojik alanda kullanılabilen yeni proteinler dizayn eder.10, 11, 12, 16, 20, 3, 4F
Elde ettiği bilgi birikimi sayesinde var olan enzim fonksiyonlarını geliştirebilecek şekilde dizayn eder.10, 12, 13, 16, 19, 2, 20F
Protein veri bankasını yetkin bir şekilde kullanır.11, 14, 4, 6
Öğretim Yöntemleri:10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 12: Problem Çözme Yöntemi, 13: Örnek Olay Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 2: Proje Temelli Öğrenme Modeli, 20: Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, 3: Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, 4: Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, 5: İşbirlikli Öğrenme Modeli, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli
Ölçme Yöntemleri:A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi

Ders Akışı

SıraKonularÖn Hazırlık
1Protein yapısına giriş-Protein yapı taşlarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
2Protein Yapı MotifleriHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
3Alfa-Domain YapılarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
4Alfa-Beta YapılarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
5Beta YapılarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
6Protein Katlanması ve Protein Yapı EsnekliğiHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
7DNA yapısıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
8Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizmasıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
9Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile TanınmasıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
10Membran proteinleriHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
11Sinyal TransdüksiyonuHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
12Fibröz ProteinlerHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
13Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin TanınmasıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
14Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı TayiniHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
Kaynak
Introduction to Protein Structure, 2 nd edition. Carl Branden & John Tooze

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
NoProgram Yeterliliği Katkı Düzeyi
12345
1
Temel bilimleri, matematik ve mühendislik bilimlerini üst düzeyde anlar ve uygular, alanında en son gelişmeler dahil olmak üzere genişlemesine ve derinlemesine bilgi sahibidir.
X
2
Mühendisliğin ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar, yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır.
X
3
Bir alanda en yeni bilgilere ulaşır ve bunları kavrayarak araştırma yapabilmek için gerekli yöntem ve becerilerde üst düzeyde yeterliğe sahiptir.
X
4
Bilime veya teknolojiye yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem veya teknolojik ürün/süreç geliştiren ya da bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulayan kapsamlı bir çalışma yapar.
X
5
Akademik çalışmalarının çıktılarını saygın akademik ortamlarda yayınlayarak bilim ve teknoloji literatürüne katkıda bulunur.
X
6
Bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel gelişmeleri değerlendirerek bilimsel tarafsızlık ve etik sorumluluk bilinciyle topluma aktarır.
X
7
Özgün bir araştırma sürecini bağımsız olarak algılar, tasarlar, uygular ve sonuçlandırır; bu süreci yönetir.
X
8
Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır
X
9
Uzmanlık alanındaki fikirlerin ve gelişmelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar.
X
10
Mühendislik alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtır, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunur ve toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlerin gelişimini destekler.
X

Değerlendirme Sistemi

Katkı DüzeyiMutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı 50
Genel Sınavın Başarıya Oranı 50
Toplam 100
AKTS / İşyükü Tablosu
EtkinlikSayıSüresi (Saat)Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Saati14342
Rehberli Problem Çözme5315
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi23060
Okul Dışı Diğer Faaliyetler000
Proje Sunumu / Seminer13030
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı000
Ara Sınav ve Hazırlığı13339
Genel Sınav ve Hazırlığı13339
Performans Görevi, Bakım Planı000
Toplam İş Yükü (Saat)225
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(225/30)8
Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır.

Dersin Detaylı Bilgileri

Ders Tanımı

DersKoduYarıyılT+U SaatKrediAKTS
PROTEİN : YAPI VE FONKSİYON İLİŞ. İLERİ KONULAR-Güz Dönemi3+038
Ders Programı
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin DiliTürkçe
Dersin SeviyesiDoktora
Dersin TürüPrograma Bağlı Seçmeli
Dersin KoordinatörüDoç.Dr. Özge ŞENSOY
Dersi VerenlerDoç.Dr. Özge ŞENSOY
Dersin Yardımcıları
Dersin AmacıBu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olur. Bunun yanında, çeşitli amaçlar için protein dizayn edebilir. Son olarak, protein yapı tayininde kullanılan deneysel yöntemler hakkında bilgi sahibi olur.
Dersin İçeriğiBu ders; Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları,Protein Yapı Motifleri,Alfa-Domain Yapıları,Alfa-Beta Yapıları,Beta Yapıları,Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği,DNA yapısı,Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması,Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması,Membran proteinleri,Sinyal Transdüksiyonu,Fibröz Proteinler,Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması,Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme KazanımlarıÖğretim YöntemleriÖlçme Yöntemleri
Protein yapı, dinamik ve fonksiyon arasında ilişki kurar.10, 12, 14, 16, 19, 2, 20, 5A, F
Verilen bir fonksiyon için protein yapısı modeller.10, 12, 13, 16, 2, 4, 5A, F
Proteinlerin yapı ve fonksiyonunda meydana gelen problemler ile ilgili hastalık oluşumu arasında neden-sonuç ilişkisi kurar.10, 12, 13, 16, 19, 2, 20, 3, 5A, F
Protein modellenmesinde kullanılan programları kullanır.10, 12, 13, 16, 2, 20, 3, 5A, E, F
Biyoteknolojik alanda kullanılabilen yeni proteinler dizayn eder.10, 11, 12, 16, 20, 3, 4F
Elde ettiği bilgi birikimi sayesinde var olan enzim fonksiyonlarını geliştirebilecek şekilde dizayn eder.10, 12, 13, 16, 19, 2, 20F
Protein veri bankasını yetkin bir şekilde kullanır.11, 14, 4, 6
Öğretim Yöntemleri:10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 12: Problem Çözme Yöntemi, 13: Örnek Olay Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 2: Proje Temelli Öğrenme Modeli, 20: Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, 3: Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, 4: Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, 5: İşbirlikli Öğrenme Modeli, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli
Ölçme Yöntemleri:A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi

Ders Akışı

SıraKonularÖn Hazırlık
1Protein yapısına giriş-Protein yapı taşlarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
2Protein Yapı MotifleriHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
3Alfa-Domain YapılarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
4Alfa-Beta YapılarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
5Beta YapılarıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
6Protein Katlanması ve Protein Yapı EsnekliğiHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
7DNA yapısıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
8Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizmasıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
9Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile TanınmasıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
10Membran proteinleriHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
11Sinyal TransdüksiyonuHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
12Fibröz ProteinlerHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
13Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin TanınmasıHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
14Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı TayiniHaftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
Kaynak
Introduction to Protein Structure, 2 nd edition. Carl Branden & John Tooze

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı

Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
NoProgram Yeterliliği Katkı Düzeyi
12345
1
Temel bilimleri, matematik ve mühendislik bilimlerini üst düzeyde anlar ve uygular, alanında en son gelişmeler dahil olmak üzere genişlemesine ve derinlemesine bilgi sahibidir.
X
2
Mühendisliğin ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar, yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır.
X
3
Bir alanda en yeni bilgilere ulaşır ve bunları kavrayarak araştırma yapabilmek için gerekli yöntem ve becerilerde üst düzeyde yeterliğe sahiptir.
X
4
Bilime veya teknolojiye yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem veya teknolojik ürün/süreç geliştiren ya da bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulayan kapsamlı bir çalışma yapar.
X
5
Akademik çalışmalarının çıktılarını saygın akademik ortamlarda yayınlayarak bilim ve teknoloji literatürüne katkıda bulunur.
X
6
Bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel gelişmeleri değerlendirerek bilimsel tarafsızlık ve etik sorumluluk bilinciyle topluma aktarır.
X
7
Özgün bir araştırma sürecini bağımsız olarak algılar, tasarlar, uygular ve sonuçlandırır; bu süreci yönetir.
X
8
Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır
X
9
Uzmanlık alanındaki fikirlerin ve gelişmelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar.
X
10
Mühendislik alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtır, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunur ve toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlerin gelişimini destekler.
X

Değerlendirme Sistemi

Katkı DüzeyiMutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı 50
Genel Sınavın Başarıya Oranı 50
Toplam 100

Sayısal Veriler

Öğrenci Başarı Durumu

Ekleme Tarihi: 31/01/2023 - 16:14Son Güncelleme Tarihi: 31/01/2023 - 16:15